É uma das florestas mais ricas em diversidade de espécies, abrigando cerca de 35% das espécies existentes no Brasil, incluindo diversas espécies endêmicas e ameaçadas de extinção. Além disso, é composta por formações florestais nativas, como as matas de araucárias, e ecossistemas associados, como manguezais e restingas.
Devido ao impacto ambiental, desmatamentos sucessivos, agricultura e agropecuária, exploração predatória de madeira, entre outras causas, é um dos biomas mais ameaçados do planeta. Hoje só restam 13% da área original de Mata Atlântica, colocando-a como o bioma mais ameaçado do Brasil.
